Nach seinem Abitur am Friedrich-Wilhelm-Gymnasium in Köln und einem Studium der Soziologie und Nationalökonomie in Köln und Paris wurde Baecker an der Universität Bielefeld bei Niklas Luhmann promoviert und habilitierte sich ebendort im Fach Soziologie. Es folgten Forschungsaufenthalte an der Stanford University, Johns Hopkins University und an der London School of Economics. 1996 erhielt Baecker einen Ruf auf den Reinhard-Mohn-Lehrstuhl für Unternehmensführung, Wirtschaftsethik und gesellschaftlichen Wandel an der Universität Witten/Herdecke. Von 2000 bis 2007 hatte er ebendort den Lehrstuhl für Soziologie inne. Zusammen mit Fritz B. Simon und Rudi Wimmer gründete er im Januar 2000 das Management-Zentrum Witten. Baecker erhielt im Jahr 2006 den Ruf auf den neuen Lehrstuhl für Kulturtheorie und -analyse an die Zeppelin Universität, wo er von 2007 bis 2015 forschte und lehrte. 2015 erfolgte der Rückruf an die Universität Witten/Herdecke, wo Baecker dem Lehrstuhl für Kulturtheorie und Management vorstand. Bis zu deren Fusion mit der Fakultät für Wirtschaft 2019 war Baecker auch als Dekan der dortigen Fakultät für Kulturreflexion - Studium fundamentale tätig. Seit September 2021 ist Baecker Seniorprofessor für Organisations- und Gesellschaftstheorie wiederum an der Zeppelin Universität in Friedrichshafen.[6] Außerdem ist Baecker Mitglied des Vorstands der Deutschen Gesellschaft für Soziologie (2021 bis 2025) und dort verantwortlicher Herausgeber der Zeitschrift SOZIOLOGIE.